1、污水指標濃度：如果處理的是生活污水，對菌種的選擇沒有太多需要考慮的因素，這里主要說一下工業(yè)廢水，工業(yè)污水的污水濃度相對來說比較高，工業(yè)廢水所含COD指標高，水的生化性也不好，投加量會稍微多一些。
2、低可生化性廢水：工業(yè)廢水中所含的氨氮指標也是非常高的，有些設備前端會有預處理設備，可以緩解一下生化池的處理負荷，但是工業(yè)廢水的生化性很多都是低于0.3的指標，對污水處理菌種的選擇就很重要了。
3、菌落數(shù)：所選擇的菌種需要考慮所含的有效菌落數(shù)。
4、適應性能的強弱：菌種投加下去不是立馬就能達標的，需要一定的時間繁殖生長，工業(yè)廢水里面含有無機物質或者惰性物質和有毒物質，對細菌的生長本身都有抑制作用。
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