厭氧菌可分為兼性厭氧菌和專(zhuān)性厭氧菌，在厭氧處理過(guò)程中，經(jīng)過(guò)大量微生物的共同作用，有機(jī)物被轉(zhuǎn)化為二氧化碳、水、沼氣、硫化氫和氮等。廢水在厭氧開(kāi)始階段可能會(huì)存在兼性菌種，隨著污水帶入?yún)捬跆幚砥鲀?nèi)，待氧氣耗盡又迅速死亡，隨后又活躍起來(lái)，此時(shí)專(zhuān)性厭氧菌也開(kāi)始利用兼性厭氧菌分解的產(chǎn)物合成甲烷，逐漸活躍，它們之間相互影響，形成復(fù)雜的生態(tài)系統(tǒng)。
好氧菌不但種類(lèi)繁多、數(shù)量也非常巨大，活性污泥中細(xì)菌包埋在絮狀體內(nèi)，稱(chēng)為菌膠團(tuán)，不同細(xì)菌形成不同的菌膠團(tuán)，菌膠團(tuán)絮凝作用是污水處理的重要過(guò)程，具有吸附和氧化有機(jī)物的作用，當(dāng)廢水環(huán)境出現(xiàn)變動(dòng)或異常，菌膠團(tuán)就會(huì)松散，影響出水效果。在好氧菌培養(yǎng)和馴化過(guò)程中，還會(huì)出現(xiàn)一些微型動(dòng)物，雖然對(duì)廢水的凈化能力不高，但卻不可缺少，它能促進(jìn)菌膠團(tuán)的絮凝、吞噬游離細(xì)菌和微小顆粒，如纖毛蟲(chóng)能分泌粘性物質(zhì)使菌膠團(tuán)粘連起來(lái)。
污水處理中還有真菌，真菌對(duì)活性污泥處理不占重要地位，在生物膜中大量存在，生物膜中的細(xì)菌種類(lèi)與活性污泥類(lèi)似，但真菌數(shù)量大增，從而可以進(jìn)行利用.
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